AtomはShift-JisやEUC-JPなどを自動で判別してファイルを開くことができません。
[Ctrl]+[Shift]+[u]で文字コードを変更することができますが、ここは自動判別させたいところです。

そのようなときは文字コードを自動で判別してくれるauto-encodingパッケージが便利です。

auto-encodingパッケージ

インストール方法

1. [Ctrl]+[,]で設定画面を表示し、左カラムの[インストール]をクリックします。
2. 検索ボックスに auto-encoding と入力し、[Enter]キーを押します。
3. auto-encodingパッケージが表示されるので、[インストール]ボタンを押してインストールします。

これでファイルを開けば正しい文字コードで読み込んでくれます。

時々、auto-encodingを使っていても、UTF-8のファイルがwindows1252で開かれてしまうことがあります。
そのような場合、auto-encodingの設定を変更しましょう。

［Packages］からauto-encodingを探し、［Settings］をクリックします。
［Disallow some encoding types］という項目に以下の文字コードをセットします。

windows1252,iso88591

これで上記の文字コードには判定されなくなります。