Git管理下にあるファイルを削除したあと、Git管理からも外したい場合の方法です。
Git管理から外すコマンドは git rm で、これに削除したいファイルのリストを渡します。

git ls-files でGit管理下にあるファイル一覧を出力できますが、これに--deletedオプションを与えることで削除されたファイルを抽出することができます。

git rm `git ls-files --deleted`

git ls-files には他にも便利なオプションがあり、--unmerged でコンフリクトしたファイル、--others でGit管理から除外されているファイルを出力できます。